1ος κύκλος

Αφού κακομεταχειρίζεται τα ζώα στην αυλή του σπιτιού του, ένας καλικάντζαρος μάγος συρρικνώνει τον Νιλς Χόλγκερσον σε μέγεθος δακτυλήθρας.

Τα ζώα που ενοχλούσε ο Νιλς, με χαρά βλέπουν ότι έρχεται επιτέλους στην τιμωρία του. Εν τω μεταξύ, ένα κοπάδι αγριόχηνες περνά πάνω από το αγρόκτημα στο δρόμο για τη Λαπωνία και ο Μάρτιν θέλει να τις ακολουθήσει, αλλά δεν ξέρει πώς να πετάξει.

Ο Μάρτιν κάνει μια προσπάθεια και καταφέρνει να σηκωθεί στον αέρα. Ο ποντικός και ο Νιλς κρέμονται από αυτόν και σκαρφαλώνουν στην πλάτη του. Οι αγριόχηνες διστάζουν να προσθέσουν τους απρόσκλητους επισκέπτες και μόνο η Ίνγκριντ, η συμπαθής αγριόχηνα είναι πρόθυμη να τους δεχτεί. Ο Νιλς βοηθά μια χήνα που αιχμαλωτίστηκε από την αλεπού Σμύρε και στη συνέχεια γίνεται αποδεκτός από το κοπάδι.

Για να ανταποκριθούν σε ένα κάλεσμα για βοήθεια, ο Νιλς ανακαλύπτει μια νεαρή μητέρα σκίουρο αιχμαλωτισμένη και κλειδωμένη σε ένα κλουβί. Ανησυχεί για τα μωρά της που είναι μόνα στη φωλιά. Στη συνέχεια, ο Νιλς πηγαίνει να τα βοηθήσει.

Οι χήνες ετοιμάζονται για το ταξίδι στη Λαπωνία. Ο Νιλς και ο Γκρούμελ αναζητούν φαγητό σε μια φάρμα αλλά τα παιδιά προσπαθούν να τους πιάσουν. Βοηθώντας τους, ο Μάρτιν αιχμαλωτίζεται, αλλά ο Νιλς και ο Γκρούμελ θα κάνουν τα πάντα για να τον σώσουν.

Ο Νιλς καταλαβαίνει ότι θα ξαναγίνει στο κανονικό του μέγεθος, εάν ο Μάρτιν επιστρέψει με ασφάλεια από τη Λαπωνία. Οι χήνες κατευθύνονται προς το Κάστρο Γκλίμινγκε, ενώ προσπαθούν να σταματήσουν τη μάχη μεταξύ μαύρων και γκρίζων αρουραίων.

Ο Νιλς συμμετέχει στη γιορτή, σύμβολο της αδελφοσύνης που επικρατεί μεταξύ όλων των ζώων. Αλλά η αλεπού σχεδιάζει να καταβροχθίσει την Ίνγκριντ. Ο Νιλς, με τη βοήθεια του Γκρούμελ, διώχνει την πονηρή αλεπού και σώζει την Ίνγκριντ.

Η καταιγίδα εμποδίζει το κοπαδι να συνεχίσει. Ο Νιλς και ο Γκρούμελ πηγαίνουν να ψάξουν για φαγητό σε ένα χωριό, αλλά τους κυνηγούν τα παιδιά. Κρυμμένοι σε ένα σπίτι, μπορούν επιτέλους να φάνε πριν συνεχίσουν το ταξίδι.

Οι χήνες ξεκουράζονται στα βράχια του ποταμού Ρόνεμπι, αλλά υφίστανται τις αδιάκοπες επιθέσεις της αλεπούς Σμύρε, με τη βοήθεια μιας βίδρας. Όμως η απότομη πλαγιά καταφέρνει να τις κρατήσει αλώβητες.

Ο Νιλς και ο Γκρούμελ φεύγουν τη νύχτα και πηγαίνουν στο λιμάνι για να δουν πλοία. Συναντούν ένα χάλκινο άγαλμα του βασιλιά Καρλ, το οποίο ζωντανεύει και τους οδηγεί σε ένα πλοίο που κινδυνεύει να βυθιστεί. Χάρη στις προσπάθειρς του Νιλς, το πλοίο παραμένει στην επιφάνεια.

Ο Νιλς και ο Γκρούμελ αναζητούν τον Μάρτιν και τον ανακαλύπτουν παρέα με την Ντάνφιν, μια γκρίζα χήνα που τραυματίστηκε άσχημα. Ο Μάρτιν την θεωρεί νεκρή, αλλά ο Νιλς προσπαθεί να τη γιατρέψει.

Οι χήνες προσγειώνονται λόγω κακοκαιρίας σε μια σπηλιά, στο νησί του Καν. Ένα πρόβατο τους λέει ότι το μέρος επισκέπτονται κάθε βράδυ αλεπούδες. Το κοπάδι τότε πείθει τα πρόβατα να αμυνθούν.

Ένας πελαργός οδηγεί τον Νιλς και τον Γκρούμελ στις γερμανικές ακτές. Εκεί βρίσκουν ένα παλιό νόμισμα αλλά το αφήνουν. Αργότερα φτάνουν στη χαμένη πόλη, που έχει βυθιστεί στα βάθη της θάλασσας και που κάθε εκατό χρόνια υψώνεται και επιπλέει στο νερό. Ο Νιλς θα μπορούσε να είχε σώσει την πόλη από την τραγική της μοίρα, αν είχε στο χέρι του το χάλκινο νόμισμα που είχε βρει και είχε πετάξει με περιφρόνηση.

Με προτροπή της αλεπούς Σμύρε, τα κοράκια απαγάγουν τον Νιλς και τον Γκρούμελ για να τους βοηθήσουν να ανοίξουν μια κανάτα γεμάτη χρυσά νομίσματα. Η αλεπού ελπίζει ότι αργότερα ο Νιλς θα παραδοθεί, όμως το κοράκι τον βοηθά να ξεφύγει.

Όταν η αλεπού βλέπει ότι τα κοράκια δεν πρόδωσαν τον Νιλς, φυλακίζει ένα κοράκι, σε μια στάμνα. Ο Νιλς όμως το βοηθάει, ενώ τα κοράκια έχουν εκλογές για να εκλέξουν αρχηγό.

Ενώ σταματούν κοντά σε μια όμορφη λίμνη, ο Νιλς συναντά μια αγριόπαπια που έχει αιχμαλωτιστεί από τους ανθρώπους και χρησιμοποιείται ως δόλωμα. Ο Νιλς και ο Γκρούμελ καταφέρνουν να την απελευθερώσουν και να την εντάξουν στο κοπάδι.

Η χήνα που έχει απελευθερώσει ο Νιλς από την αιχμαλωσία, νοσταλγεί τους φίλους της και πηγαίνει να τους επισκεφτεί. Σώζει ένα μικρό κορίτσι από πνιγμό και έτσι οι άνθρωποι αναγνωρίζουν την ιδιοκτησία των άγριων πτηνών στη λίμνη.