1ος κύκλος

Ο Νέμο και οι συγκρατούμενοί του στην αποικία στο Καλπάνι υποχρεώνονται να κατασκευάσουν ένα γιγάντιο υποβρύχιο - τον Ναυτίλο. Μόλις ετοιμαζόταν, ο Νέμο και οι έμπιστοι φίλοι του σχεδίαζαν να δραπετεύσουν χρησιμοποιώντας το υποβρύχιο. Αλλά όταν ο διευθυντής Κρόουλι της αδίστακτης Εμπορικής Εταιρείας Ανατολικών Ινδιών φτάνει και απαιτεί να μεταφερθεί αμέσως ο Ναυτίλος στη Βομβάη για να εξοπλιστεί, ο Νέμο αναγκάζεται να προωθήσει τα σχέδιά του, με όποιον μπορεί να μαζέψει για πλήρωμα.

Κάποιοι από το πλήρωμα προσπαθούν να εγκαταλείψουν τον Ναυτίλο και να κολυμπήσουν μέχρι την ακτή, όταν όμως εμποδίζονται από στρατιώτες της εταιρείας αναγκάζονται να επιστρέψουν. Τώρα ο Ναυτίλος πρέπει να βγει στην ανοιχτή θάλασσα. Μια απροσδόκητη συνάντηση με ένα φαλαινοθηρικό τους επιβραδύνει και όταν τους κυνηγά το ισχυρότερο πλοίο της Εταιρείας, αναγκάζονται να παίξουν το παιχνίδι της γάτας και του ποντικού.

Ο Νέμο και το πλήρωμά του αναγκάζονται να κάνουν μια στάση για νερό και προμήθειες. Ο Νέμο ανακαλύπτει μια συγκλονιστική αλήθεια για το π[αρελθόν του, ενώ η Χιουμίλιτι και το πλήρωμα ανακαλύπτουν ποιος είναι πραγματικά ο Νέμο.

Ο Νέμο και το πεινασμένο πλήρωμά του βγαίνουν στη στεριά σε ένα φαινομενικά έρημο νησί αναζητώντας τροφή. Όταν ο νεαρός Μπλάστερ εξαφανίζεται, ο Νέμο και η Χιουμίλιτι ξεκινούν μια τολμηρή αποστολή διάσωσης, αλλά σύντομα συναντούν Άγγλους ναυαγούς και ένα γιγάντιο ηλεκτρικό χέλι.

Όταν εμφανίζεται μια απόκοσμη κόκκινη λάμψη, το γιγάντιο χέλι απελευθερώνει ξαφνικά τον Ναυτίλο. Αποδεικνύεται ότι το Δαχτυλίδι της Φωτιάς είναι μια αλυσίδα από υποβρύχια ηφαίστεια. Χωρίς δυνατότητα πλοήγησης, ο Ναυτίλος συνεχίζει να βυθίζεται προς την επικίνδυνη λάβα και σύντομα γίνεται σαφές ότι μόνο η Χιουμίλιτι μπορεί να σώσει το πλήρωμα.

Τα υποβρύχια ηφαίστεια αποκαλύπτουν κάτι που θα μπορούσε να είναι η θρυλική υποβρύχια πόλη της Ατλαντίδας. Μια μικρή ομάδα πηγαίνει για εξερεύνηση και βρίσκει κάτι που μοιάζει με αρχαίο φυλάκιο του χαμένου πολιτισμού, αλλά συνειδητοποιεί επίσης ότι είναι το σπίτι τρομακτικών θαλάσσιων πλασμάτων που απειλούν τη ζωή του πληρώματος.

Μια ριψοκίνδυνη μάχη μεταξύ του θωρηκτού Ντρέντνοτ και του Ναυτίλου, αφήνει και τους δύο εγκλωβισμένους στον πάγο της Αρκτικής, οδηγώντας σε μια ανήσυχη εκεχειρία. Ο Νέμο ξανασμίγει με έναν φίλο από το παρελθόν του και συγκλονίζεται από περισσότερες αποκαλύψεις για τον πατέρα του.

Όταν αποκαλύπτεται ότι ο Νέμο ενήργησε ριψοκίνδυνα θέτοντας το πλήρωμα σε κίνδυνο, τον κλειδώνουν στην καμπίνα του και ο Μπονιφάς αναλαμβάνει τη διοίκηση. Στον μαγνητικό βόρειο πόλο, τα προβλήματα συσσωρεύονται. Ο Νέμο πρέπει να ενώσει το διχασμένο πλήρωμά του λέγοντάς τους ποιος πραγματικά είναι.

Όταν τελικά ο Ναυτίλος φτάνει στο σημείο του θησαυρού, συνειδητοποιούν ότι δεν έχει ξεχαστεί καθόλου, αντίθετα τον φυλάνε άγριες πολεμίστριες. Ο Νέμο νιώθει ότι οδήγησε το πλήρωμά του στο τέλος του κόσμου - για το τίποτα.

Με νέο στόχο την ανατροπή της Εταιρείας, το πλήρωμα διαδίδει φήμες ότι η εταιρεία πρόκειται να χρεωκοπήσει. Η τιμή της μετοχής πέφτει απότομα και η Εταιρεία καλεί όλους τους ιδιοκτήτες σε συνάντηση. Ο Νέμο και το πλήρωμά του έχουν μόνο λίγες ώρες για να φτάσουν στη συνάντηση και να προσπαθήσουν να διαλύσουν την εταιρεία για πάντα.